污水處理微生物菌種是污水處理中最重要的角色。培養良好的微生物生態，可以快速降低COD、氨氮、BOD等指標，實現污水排放達標。
污水處理微生物菌種可以在厭氧或好氧環境下處理污水中的有機物質。厭氧環境下微生物增殖較緩慢，分裂出等數量的微生物需要比好氧環境下更長的時間，同時每單位微生物消耗更多的能量（也就是消耗更多的污染物），而且較不需要消耗電力，所以適合多花時間處理較高濃度的污水或污泥。
好氧環境下微生物增殖迅速，微生物數量變多，所以雖然單位微生物利用污染物較少，同樣也能分解濃度較低的污水中污染物，一般好氧處理需要電力，但是不需如厭氧處理一樣耗時等待，可以依照污水類型與厭氧處理搭配設計。
污水處理微生物菌種使用時注意事項：
1、溫度：10—50℃，理想溫度為25—35℃；
2、Ph值：6—9，理想范圍為7—8.5；
3、鹽度：≤5%（50000mg/L），理想值為：≤2%；
4、溶氧值：≥2mg/L，理想值為：≥2mg/L。
